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El presente estudio trata las metodologías utilizadas por los profesores de Ciencias Naturales y su incidencia en el rendimiento de Pruebas Nacionales de los estudiantes de 4to. de Bachillerato de los Liceos del Distrito Educativo 07-06 de San Francisco de Macorís; este estudio se realizó con los datos del año escolar 2006-2007.La cantidad de profesores objeto de estudio ascendió a 18 equivalentes al 100% y una muestra de 144 estudiantes de un total de 529 que asistieron a la primera convocatoria de las Pruebas Nacionales procedentes de los liceos en cuestión.El objetivo general de esta investigación consistió en determinar la metodología utilizada por los profesores de Ciencias Naturales y su incidencia en el rendimiento de los estudiantes en Pruebas Nacionales de 4to. de Bachillerato de los Liceos del Distrito Educativo 07-06, año 2006-2007.En torno a la metodología utilizada por los docentes, afirman (88.89%), que el método científico es el más usado y, los discentes, en un (59.94%) afirman que el método de resolución de problemas es el más utilizado por sus profesores; se puede percibir cierta discrepancia entre las opiniones emitidas por éstos actores del proceso enseñanza-aprendizaje. En cuanto al rendimiento académico de los estudiantes, se concluye que el 84.70% de los mismos fueron evaluados por sus profesores y su nota de presentación tenía un promedio de 59.29% de 70 puntos, sin embargo, el promedio de notas obtenidas en Pruebas Nacionales fue de 13.85 de 30 puntos, eso demuestra que estos estudiantes no lograron alcanzar el 50% de las notas en las Pruebas Nacionales.Finalmente, la investigación recomienda a la Secretaria de Estado de Educación, enviar los recursos tecnológicos, bibliográficos, didácticos y laboratorio de Ciencias Naturales, a los centros de Educación Media y capacitar a los docentes en el uso y manejo de estos recursos. A la Dirección General de Pruebas Nacionales, que implementen mecanismos para que los y las estudiantes que no logren aprobar las Pruebas Nacionales después de seis intentos, éstos puedan ser inscritos nuevamente en el 4to. Grado de la Educación Media. A los docentes, que sigan en su formación profesional logrando alcanzar niveles de especialidad y maestría en el área y que implementen métodos y técnicas que propicien en sus alumnos, la adquisición de aprendizajes significativos.